数学与计算机科学学院创办于2005年，是由原数学与应用数学系（创办于1958年）及计算机科学系（创办于2000年）合并成立的二级学院，2007年被福建省人事厅、福建省教育厅联合授予“福建省教育系统先进集体”称号。该院已经形成一个梯度合理的师资队伍：教授3人，副教授12人，讲师及实验师17人，博士、硕士研究生43人，学院还在马来西亚大学、北京大学、西安交通大学、厦门大学、漳州师范学院等国内外高校中聘请兼职教授多人，已形成一支基础理论研究功底深厚、学术水平较高、教学与实践应用经验丰富、一专多能的能够适应现代化教学需要的“双师型”教师队伍。学院建立了应用数学研究所、计算机应用研究所及实践基地与项目开发中心。近年来，教师教学科研成果卓著，先后承担了多项省、部级科研项目，在国内外专业期刊上发表论文380余篇（其中SCI检索及EI收录20多篇），出版专著4部，多项目教学科研成果获得有关部门的奖励 。近年来，在校学生参加全国大学生数学建模比赛连年获国家级及省级一等奖等佳绩。

该院教学设施完善，图书资料丰富，拥有设备先进的数学建模实验室及计算机多媒体与应用、计算机综合软件、计算机数据库、计算机网络与创新等多个实验室，建有国际IT授权的培训中心和考试中心，目前开设的国际高级IT认证有：Microsoft认证、Adobe认证、Autodesk认证、Macromedia认证、Huawei认证、红旗Linux认证等，竭诚为广大学生提供良好的多方向、多层次深造环境与机遇，使得学生能取得多种资格证书，扩大就业方向、提高就业机会。

该院目前在校学生1200多人，在教学实践中始终坚持以教学质量为中心，始终把培养人才质量放在首位，以夯实专业基础，拓宽专业口径，注重培养学生德、智、体全面发展一专多能的综合素质为综旨，应届本科毕业生报考硕士研究生的录取率平均达10%，往届专科毕业生中有40余人考取硕士研究生、10余人考取了博士研究生、10余人取得了高校教授任职资格，大多数毕业生已成为教育或其他行业的骨干力量。

该院2008年设有数学与应用数学、计算机科学与技术、信息与计算科学等本科专业3个。